Các loài thực vật, hầu hết các loài vi khuẩn và một số loài động vật nguyên sinh như ký sinh trùng sốt rét có khả năng sản xuất isoprenoid bằng một con đường thay thế gọi là đường chuyển hoá methylerythritol phosphate (MEP) hoặc đường chuyển hoá phi mevalonate.[8] Đầu ra của cả hai đường mevalonate và đường MEP đều giống như nhau, IPP và DMAPP, tuy nhiên các phản ứng enzym để chuyển acetyl-CoA thành IPP lại hoàn toàn khác nhau. Sự tương tác giữa hai con đường trao đổi chất này có thể được nghiên cứu bằng cách sử dụng đồng vị 13C-glucose.[9] Ở loài thực vật bậc cao, đường chuyển hoá MEP hoạt động trong lạp thể plastid trong khi đường chuyển hoá mevalonate hoạt động trong bào tương cytosol.[8] Những ví dụ về vi khuẩn sở hữu đường chuyển hoá MEP bao gồm Escherichia coli và các mầm bệnh như Mycobacteria bệnh lao.